بدأ القسم ببرنامج تكنولوجيا السكروالأغذية عند تأسيس جامعة الجزيرة في 19 نوفمبر 1975م. وبدأ أنشطته التعليمية ودراساته في عام 1978م جزءا من برنامج كلية العلوم والتكنولوجيا في ذلك الوقت كلية الهندسة والتكنولوجيا حاليا. ويسير القسم في نفس الاتجاه والمسار مع أهداف الجامعة لتحقيق رؤية الكلية التي تهدف إلى تعزيز، وتطوير التكنولوجيا والعلوم العملية من أجل تحقيق أهداف القسم، وترويج الخدمات لتكون أساسًا للثورة الصناعية المبنية في المقام الأول على الاستخدام الرشيد للموارد الطبيعية في السودان. في عام 1988م بدأ القسم في منح درجة علمية في هندسة الأغذية وهي الأولى من نوعها في السودان.

وكان الهدف من هذا التخصص تخريج مهندسين تقنيين قادرين على العمل، والتعامل مع التطوير والترويج في مجالات الصناعات الغذائية، والعلوم المختلفة المتعلقة بالأغذية، وتقديم حلول للمشكلات التي تحدث في هذا المجال.

كما يهتم هذا التخصص بتأهيل الطلاب في تصميم الصناعات الغذائية وتشغيلها ، وتطوير مهاراتهم لإنتاج أغذية صحية وآمنة وعالية الجودة باستخدام التكنولوجيا الحديثة، مع التركيز على الاستفادة من استخدام المنتجات التقليدية بهدف الترويج لها وتطويرها، وذلك وفقًا لفلسفة الكلية التي تربط بين الجزء النظري والجزء العملي.

الدرجات الممنوحة:

• بكالوريوس العلوم (الشرف) في هندسة الأغذية.
• الدبلوم التقني في هندسة التصنيع الغذائي.